Die hauptsächlichen relativen Gegenanzeigen der Selbsttransfusion sind:

• Einige Blutkrankheiten: falls ein Risiko von Hämolyse oder Gerinnungsstörungen besteht;
• Leber- oder Nierenstörungen;
• Vermischung des Blutes mit Bewässerungsfaktoren, sonstigen Substanzen, welche während eines Eingriffs verwendet werden können oder das Blut verseuchen können (Darminhalt, Fette, Magensaft, Pankreassaft, Urin, Scheidensekrete, Nasensekrete, infiziertes Gewebe, primäre Tumorfragmente, Metastasen usw.).