Les principales contre–indications concernant l'autotransfusion sont :

• Certaines maladies du sang : s'il y a le risque d'hémolyse ou de troubles de coagulation ;
• Des insuffisances hépatiques et rénales ;
• Le mélange du sang avec des agents d'irrigation ; d'autres substances qui peuvent être utilisées pendant l'intervention chirurgicale ou qui peuvent contaminer le sang (le contenu de l'estomac, des graisses, le suc gastrique, le suc pancréatique, l'urine, des secrétions vaginales, nasales, du tissu infecté, des fragments tumoraux primaires, des métastases etc.).