Az autotranszfúzió főbb viszonylagos ellenjavallatai a következők:

• Bizonyos vérbetegségek: ha hemolízis vagy alvadási problémák kockázata áll fenn;
• Máj- vagy veseműködési rendellenességek;
• A vérnek mosószerekkel, vagy más, a sebészeti beavatkozás alatt használt anyagokkal, való keveredése, melyek befertőzhetik a vért (béltartalom, zsírok, gyomornedv, hasnyálmirigy nedv, vizelet, hüvelyváladék, orrváladék, fertőzött szövet, elsődleges daganat darabjai, metasztázisok stb.)