Le principali controindicazioni dell'autotrasfusione sono:

• Alcune malattie di sangue: se esiste il rischio di emolisi o disturbi di coagulazione;
• Disfunzioni epatiche o renali;
• Mistura del sangue con gli agenti d'irrigazione, altre sostanze che possono essere utilizzate durante l'intervento chirurgico o possono contaminare il sangue (contenuto intestinale, grassi, succo gastrico, orina, secrezioni vaginali, nasali, tessuto infetto, frammenti tumorali primari, metastasi ecc.).